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一些基因測序無法分析大部分DNA

對來自美國3個實驗室的患者樣本進行的重新分析顯示,大多數測試並未充分分析超過四分之一的基因。

檢測疾病的機會差異很大,具體取決于實驗室在給定樣品中完全分析了哪些基因。

達拉斯-2020年1月6日-UT西南醫學中心的專家說,經曆了廣泛的基因測序的孩子可能沒有得到父母所期望的全面的DNA分析。

美國三個主要實驗室的臨床測試結果顯示,整個外顯子組測序通常無法充分分析大部分DNA,這是一種潛在的嚴重缺陷,可能會阻止醫生准確診斷從癫痫到癌症的潛在遺傳疾病。

UT Southwestern的重新分析顯示,每個實驗室平均檢查不到四分之三的基因-覆蓋率分別爲34%,66%和69%-且在檢測特定疾病的能力上差距驚人。

研究人員說,他們之所以進行這項研究,是因爲他們認爲測試質量的巨大差異是臨床基因測序中的特有現象,但尚未得到充分的證明或與臨床醫生共享。

UT Southwestern病理學副教授Jason Park博士說:“訂購這些測試的許多醫生都不知道這種情況正在發生。”“他們的許多患者是患有神經系統疾病的小孩,他們希望獲得最完整的診斷測試。但是他們沒有意識到整個外顯子組測序可能會錯過針對性更強的基因測試所能找到的東西。”

全外顯子組測序是一種用于分析蛋白質生産基因的技術,在醫療保健中越來越多地用于鑒定導致疾病的基因突變-主要是在兒童中以及在罕見或未確診疾病的成年人中。但是,帕克說,全面分析一個外顯子組中大約18,000個基因的過程本質上是困難的,容易受到監督。大約一半的測試無法查明突變。

發表在《臨床化學》上的新研究提供了洞悉某些分析爲何可能返回陰性的見解。

研究人員重新分析了2012年至2016年之間進行的36位患者的外顯子組測試-三個國家臨床實驗室分別進行了12次測試-發現完全相反的結果以及對基因進行完全分析的不一致之處。除非實驗室達到對所有編碼蛋白質的DNA進行充分分析的行業認可的阈值,否則該基因才被認爲已被完全分析,該阈值定義爲每次測試至少對該片段進行20次測序。

值得注意的是,在所有36個樣本中,只有不到1.5%的基因被完全分析。對一個實驗室測試的審查顯示,從未充分檢查過28%的基​​因,始終只覆蓋了5%。另一個實驗室始終覆蓋了27%的基因。

帕克說:“當您開始考慮使用這些測試來排除疾病時,事情真的開始崩潰了。”“如果沒有對很多基因進行徹底分析,陰性的外顯子組結果將毫無意義。”

例如,根據所分析的基因,從36種測試中檢測出癫痫病的機會差異很大。一個實驗室進行了幾項患者測試,這些測試完全檢查了四分之三以上的與癫痫相關的基因,但同一實驗室又有另外三名患者樣本,其中只有不到40%的樣本被完全分析。

來自另一個實驗室的三項測試結果不足20%。

UT西南大學的臨床遺傳學家加勒特·戈特韋(Garrett Gotway)表示:“當我們看到這些數據時,便經常向實驗室詢問具體基因的覆蓋範圍。”“我認爲您不會期望每次都能完全覆蓋18,000個基因,但是可以期望90%或更多的基因是公平的。”

這些發現是基于先前的研究得出的,該研究表明全基因組測序中存在相似的差距和差異,這項技術可以檢查所有類型的基因,而不論它們是否産生蛋白質。

戈特韋說,他希望這一發現將促使更多的醫生向實驗室詢問有關哪些基因被覆蓋的問題,並推動提高測試質量的一致性。他還鼓勵醫生-甚至在訂購測試之前-考慮對整個外顯子組測序是否是患者的最佳方法。

Gotway說:“臨床外顯子組在複雜的情況下可能會有所幫助,但是如果孩子患有癫痫病並且沒有其他複雜的臨床問題,您可能不需要一個。”“外顯子組測試很有可能再次呈陰性,而父母們仍然對孩子疾病的遺傳基礎感到疑惑。”

在那些情況下,Gotway建議訂購一個較小的基因測試,以完全分析與該疾病相關的一組基因。他說,它們價格便宜,並且可以幫助醫生找到答案。

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